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核酸外切酶III能够沿着双链DNA的3'→5'方向逐步切去单核苷酸。每一次的反应只切除最末的几个核苷酸以对双链DNA产生渐进缺失。该酶可以切割双链DNA,产生单链gap,但对单链DNA无活性。通常具有平末端或3'凹陷末端的DNA是最适底物。相反,3'突出末端抗该酶的切割,拮抗程度随3'突出末端的长度而改变,四碱基或更长的突出完全不能被切割。这种特性对于一端是抗性位点(3'突出端)一端是敏感位点(平端或5'突出端)的线性DNA分子,可以产生单向缺失。
另外,与BAL 3 Nuclease相比,本酶的碱基特异性较小,如在富含GC的位置上,由于反应停止的机率较低,可用于DNA的Deletion制作。
本制品是把Exonuclease III基因(E. coli)在大肠杆菌中进行表达后,经多次纯化分离而得到的。