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ChIRP(Chromatin Isolation by RNA Purification)是一项研究RNA与DNA及蛋白质之间相互作用的技术。根据研究对象不同,ChIRP技术可分别结合高通量测序(ChIRP-Seq)和质谱技术(ChIRP-MS),研究与目标RNA互作的基因和蛋白质。 (本试剂盒仅供科研用途)
ChIRP方法通过设计生物素标记RNA互补探针,并使其与链霉亲和素结合,这样,在探针与目标RNA特异性结合的同时,捕获RNA结合调控的DNA染色体片段与参与转录调控的RNA结合蛋白质(RBPs)。
DNA染色体片段经过文库构建与高通量测序,在基因组水平上获得转录调控RNA(增强子RNA, eRNA)调控的下游靶基因,结合qPCR可以研究结合调控强度; RNA结合蛋白经过酶消化与高效液相-质谱分析,可以鉴定参与转录调控的蛋白质,结合Western Blot可以进一步研究结合作用强度。